Un autre texte datant de l'époque où Saint-Martin est un élu coën actif met en évidence cet intérêt : « La prière est la véritable nourriture de l'âme, c'est là qu'elle met principalement en action toutes ses facultés, c'est de là aussi qu'elle retire ses plus grandes forces et toute l'évidence de la lumière. L'état de l'âme dans la prière est un combat dans lequel elle se dépouille de tout ce qui lui est étranger, pour se renouveler dans toute la pureté, la clarté, et la sublimité de sa nature [10]. »

Pour le Philosophe inconnu, la prière est le moyen le plus efficace mis à la disposition de celui qui veut avancer sur le sentier de l'initiation, et il précise : « Le secret de notre avancement consiste dans la prière, le secret de la prière dans la préparation, le secret de la préparation dans une conduite pure, le secret d'une conduite pure dans la crainte de Dieu, le secret de la crainte de Dieu dans son amour. Ainsi l'amour est le principe et le foyer de tous les secrets » [11].

Si la prière donnait lieu à de longues invocations avec Martines, celle de Saint-Martin se préoccupe peu des mots, elle est silence de l'être face à la présence de l'Être. C'est le cœur qui doit parler dans cette communion et non la tête. Nul besoin de « ces prières que nous sommes obligés d'étayer de tous côtés, en les puisant dans des formules ou dans de puériles et scrupuleuses habitudes [13] ». Le travail d'adoration que le Philosophe inconnu préconise consiste en un abandon de la volonté humaine pour laisser circuler la volonté divine. Ouvrir son cœur pour y laisser entrer celui qui ne demande qu'à entrer dans son sanctuaire, le cœur de l'homme. Dans cette communion, ce n'est plus l'homme qui prie Dieu, mais Dieu qui prie en l'homme.

Le disciple ne parvient toutefois à cette communion totale qu'après une certaine préparation. « Cette œuvre est si importante que tu dois te garder de la désirer avant que tes substances soient assez pures et assez fortes pour la supporter [14] », car le pur ne se mélange pas à l'impur. Aussi Saint-Martin donne-t-il ce conseil à celui qui veut connaître cette lumière ineffable : « Purifie-toi, demande, reçois, agis, toute l'œuvre est dans ces quatre temps [15]. » La prière constitue donc la clé fondamentale du cheminement mystique, voire de l'initiation, celle qui, selon Martines et Saint-Martin, régénérera le mineur quaternaire. Elle est le moyen par lequel l'homme peut atteindre les sphères supérieures dont les sphères visibles ne sont que d'imparfaites images.

Nous avons vu que chez Martines, la prière semblait être essentiellement vocale, alors que Saint-Martin met l'accent sur son côté silencieux. Notons cependant que ce dernier attribue à ces deux manières de procéder des vertus à la fois différentes et complémentaires. La prière mentale a une force à la fois défensive et attractive dans le bien, alors que la prière vocale ajoute à ces mêmes qualités la puissance de terrasser l'ennemi, ce qui la rend supérieure. Le Philosophe inconnu conseille la prière muette pour réchauffer le cœur, lorsque celui-ci est sec et vide de Dieu. Mais dès que le cœur est plein de cette présence, c'est la prière verbale qu'il conseille, car elle est alors Verbe [16]. Pour lui, la prière est un acte, et c'est l'acte le plus pur dont l'homme soit capable. La pensée de l'homme unie à celle de Dieu par la volonté se manifeste alors en action, et à l'imitation de Dieu cette action est Verbe.

Saint-Martin nous a laissé un beau témoignage sur la prière avec un recueil d'oraisons probablement composé vers la fin de sa vie : Dix prières [17]. Ce texte témoigne que cette pratique resta une constante dans la vie intérieure du Philosophe Inconnu. Aussi l'avons-nous placé en annexe à cette étude.